کنیه امام "ابو جعفر" بود. مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی (ع) است. بنابراین نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن (ع) و از سوی پدر به امام حسین (ع) می‌رسید. پدرش حضرت سیدالساجدین، امام زین العابدین، علی بن الحسین (ع) است. تولد حضرت باقر (ع) در روز اول ماه رجب سال 57 هجری و به روایت دیگری روز  سوم ماه صفر سال 57 هجری در مدینه اتفاق افتاد.

در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سیدالشهداء کودکی بود که به چهارمین بهار زندگیش نزدیک می شد. دوران امامت امام محمد باقر (ع) از سال 95 هجری که سال شهادت امام زین العابدین (ع) است آغاز شد و تا سال 114 هجری یعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است.
 در دوره امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندش امام جعفر صادق (ع) مسائلی مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح است، ترجمه کتاب‌های فلسفی و مجادلات کلامی در این دوره پیش می‌آید، و عده‌ای از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا می‌شوند.
 
دانش امام باقر علیه السلام نیز همانند دیگر امامان از سر چشمه‏ وحى بود، آنان آموزگارى نداشتند و در مكتب بشرى درس نخوانده بودند، جابربن عبدالله نزد امام باقر (ع) مى‏ آمد و از آن حضرت دانش فرا مى‏گرفت و به آن گرامى مكرر عرض مى‌كرد: اى شكافنده علوم! گواهى مى‏دهم تو در كودكى از دانشى خداداد برخوردارى.

در مکتب تربیتی امام باقر (ع) علم و فضیلت به مردم آموخته می شد. ابوجعفر امام محمد باقر (ع) متولی صدقات حضرت رسول (ص) و امیرالمؤمنین (ع) و پدر و جد خود بود و این صدقات را بر بنی‌هاشم و مساکین و نیازمندان تقسیم می‌کرد، و اداره آنها را از جهت مالی به عهده داشت. امام باقر (ع) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود. سیرت و صورتش ستوده بود. پیوسته لباس تمیز می پوشید. در کمال وقار و شکوه حرکت می فرمود.

امام پنجم (ع) بسیار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خوش برخورد بود. با همه اصحاب مصافحه می‌کرد و دیگران را نیز بدین کار تشویق می‌فرمود. در ضمن سخنانش می‌فرمود: مصافحه کردن کدورت‌های درونی را از بین می‌برد و گناهان دو طرف - همچون برگ درختان در فصل خزان - میریزد.

امام باقر (ع) در صدقات و بخشش و آداب اسلامی مانند دستگیری از نیازمندان و تشییع جنازه مؤمنین و عیادت از بیماران و رعایت ادب و آداب و سنن دینی، کمال مواظبت را داشت. میخواست سنتهای جدش رسول الله (ص) را عملا در بین مردم زنده کند و مکارم اخلاقی را به مردم تعلیم نماید. در روزهای گرم برای رسیدگی به مزارع و نخلستانها بیرون می رفت و با کارگران و کشاورزان بیل می زد و زمین را برای کشت آماده می ساخت. آنچه از محصول کشاورزی - که با عرق جبین و کد یمین - به دست می آورد در راه خدا انفاق می فرمود. بامداد که برای ادای نماز به مسجد جدش رسول الله (ص) می رفت، پس از گزاردن فریضه، مردم گرداگردش جمع می شدند و از انوار دانش و فضیلت او بهره مند می گشتند.


امام سجاد (ع) با زبان دعا و مناجات و یادآوری از مظالم اموی و امر به معروف و نهی از منکر و امام باقر (ع) با تشکیل حلقه‌های درس، زمینه این امر مهم را فراهم نمود و مسائل لازم دینی را برای مردم روشن فرمود.
 
رسول اکرم اسلام (ص) در پرتو چشم واقع بین و با روشن بینی وحی الهی وظایفی را که فرزندان و اهل بیت گرامی اش در آینده انجام خواهند داد و نقشی را که در شناخت و شناساندن معارف حقه به عهده خواهند داشت، ضمن احادیثی که از آن حضرت روایت شده، تعیین فرموده است. چنان که در این حدیث آمده است: در زمان امیرالمؤمنین علی (ع) گوئیا، مقام علم و ارزش دانش هنوز - چنان که باید - بر مردم روشن نبود، گویا مسلمانان هنوز قدم از تنگنای حیات مادی بیرون ننهاده و از زلال دانش علوی جامی ننوشیده بودند و در کنار دریای بیکران وجود علی (ع) تشنه لب بودند و جز عده‌ای معدود قدر چونان گوهری را نمی دانستند.
 
بی جهت نبود که مولای متقیان بارها می فرمود: "سلونی قبل از تفقدونی"؛ پیش از آنکه من را از دست بدهید از من بپرسید و بارها می گفت: من به راههای آسمان از راههای زمین آشناترم. ولی کو آن گوهرشناسی که قدر گوهر وجود علی را بداند؟ اما به تدریج، به ویژه در زمان امام محمد باقر (ع) مردم کم کم لذت علوم اهل بیت و معارف اسلامی را درک می کردند و مانند تشنه لبی که سالها از لذات آب گوارا محروم مانده و یا قدر آن را ندانسته باشد، زلال گوارای دانش امام باقر (ع) را دریافتند و تسلیم مقام علمی امام (ع) شدند.